口袋妖怪火红版的秘传技能共有七种，包括一字斩、飞天、冲浪、怪力、碎岩、鱼跃龙门（攀瀑）以及闪光。这些技能不仅是推进剧情的必备工具，还能在战斗中发挥辅助作用。需火红版并未包含潜水秘传技能。秘传技能的获取方式分散在游戏各阶段，例如一字斩由圣安努号船长赠送，冲浪需在野生狩猎区探索获得，而碎岩则需在一之岛温泉与特定NPC对话取得。掌握这些技能的分布与获取时机，对游戏流程规划至关重要。
秘传技能的学习限制与普通技能不同，无法通过覆盖方式遗忘。若需调整技能配置，必须前往浅红市精灵中心左侧房间，与特定NPC对话选择遗忘。这一机制要求玩家谨慎分配秘传技能，尤其是对多功能精灵的培育。部分秘传技能如冲浪、怪力兼具战斗价值，建议优先分配给耐久较高的水系或格斗系精灵。而闪光等纯功能型技能，则可交由工具宠学习以节省主力精灵的技能栏位。
游戏中期获取的冲浪技能具有双重价值，既是探索必备手段，也是水系特攻招式，威力达95且命中稳定。类似的高效技能组合还包括怪力的格斗属性攻击与碎岩的岩石属性破坏效果。飞天虽无法用于战斗，但能大幅缩短地图移动时间，建议尽早获取。这些技能的综合运用需要玩家平衡战斗需求与地图探索效率，合理分配在不同精灵身上。
后期秘传技能如鱼跃龙门（攀瀑）和碎岩主要服务于特定区域解锁。攀瀑位于四之岛洞穴深处，用于攀登瀑布地形；碎岩则能破坏岩石障碍，在一之岛火山区域尤为重要。获取这些技能后，建议立即返回前期无法到达的区域搜寻隐藏道具。部分秘传技能学习点需要完成支线任务，例如怪力需在浅红市狩猎区找回园长的假牙才能换取，这类任务往往关联着重要道具或剧情进展。
从游戏机制角度分析，秘传技能的设计体现了关卡控制与角色培养的平衡。开发者通过技能获取顺序引导玩家探索路线，同时利用技能遗忘限制增加策略深度。建议玩家在通关后收集全部秘传技能，以便解锁七之岛等后期内容。对于追求全图鉴的玩家而言，合理规划技能分配还能提高稀有精灵的捕捉效率，如使用闪光探索黑暗洞穴或利用冲浪遭遇水系特殊种群。
