迷失岛2：时间的灰烬中存在着数个贯穿流程且机制独特的隐藏任务，它们不直接以任务列表形式呈现，需要玩家通过探索、观察和与特定物品互动来触发并完成，这些任务往往关联着游戏的核心谜题、结局乃至额外的成就。
游戏开局阶段在主角家中就包含了几个关键的隐藏线索，醒来后房间画板上的九宫格图案需要第一时间用笔记功能记录，这是后续多个场景的解密关键。与客厅的老奶奶对话会获得关于信箱钥匙、时光机器和工厂电动门等大量背景指引，上到二楼后，仔细翻阅桌上的笔记本，不仅能在最后一页找到信箱钥匙，更关键的是用游戏中后期获得的铅笔涂抹被撕掉密码的页面，才能显现出启动时光机器的真正密码，从而解锁回到过去的能力，这个任务没有明确提示却至关重要。
分散在各个场景中的角色互动也隐藏着特殊任务，在轮船的二层与小女孩对话时，她身边的玩偶有几率随机刷新为南瓜先生或小三角大英雄的形象，反复进出船舱有机会触发这两种变化，点击这些特殊玩偶可以直接解锁对应的隐藏成就。在神庙场景中，将红色眼珠子放入墙壁机关后，观察水滴位置对应的人物姿势并记录下来，这个顺序是解开另一个谜题的重要密码。在船甲板上使用贝壳聆听并记录声音，也是解开八音盒谜题获得旋律的关键前置步骤。
游戏二周目流程中新增了专属的隐藏内容，其核心是寻找四块蓝色方块和一颗红色珠子。前往工厂二楼会开启新的区域，在返回过去的神庙一层按照特定顺序操作机关可进入密室拿到第二块蓝色方块。在公主拼图屋内完成拼图能获得绿色药水，用它到海边石像处用铲子挖掘可获得第三块蓝色石块。而最重要的任务是在工厂的09号房间内，为石块镀金时需要投入在轮船上找到的红色珠子，此时必须仔细观察并记住墙上人像演示的一系列动作顺序，这个顺序是最终在工厂前桥下放置四块蓝色石块以激活星际传送阵的密码，收集齐所有新增道具才能推进剧情。
游戏中还存在极易错过的终极隐藏成就，除了通过玩偶触发的两个成就，第三个隐藏成就宇宙的尘埃的触发条件最为隐蔽。它要求玩家在完成二周目所有流程、火箭升空并看完制作人员名单后，不要退出游戏，而是让火箭在宇宙中继续漫飞大约三分五十秒，直到背景音乐播放两遍多，火箭便会自动降落在一个神秘地点并解锁该成就，这个任务完全没有任何提示需要玩家自行尝试与等待。
